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四川大學(xué)華西第二醫(yī)院源于1896年成立的仁濟(jì)女醫(yī)院，開設(shè)婦產(chǎn)科和兒科。1987年原衛(wèi)生部批準(zhǔn)華西婦產(chǎn)科和兒科從原華西醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院遷出單獨建院，成立華西醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院，又名華西婦產(chǎn)兒童醫(yī)院。2000年醫(yī)院更名為“四川大學(xué)華西第二醫(yī)院/華西婦產(chǎn)兒童醫(yī)院”，是國家衛(wèi)生健康委員會預(yù)算管理的婦女兒童?？漆t(yī)院。醫(yī)院為國家兒童區(qū)域醫(yī)療中心(西南)，也是國家區(qū)域醫(yī)療中心建設(shè)項目——四川大學(xué)華西第二醫(yī)院天府醫(yī)院/四川省兒童醫(yī)院（眉山）和四川大學(xué)華西第二醫(yī)院西藏醫(yī)院/西藏自治區(qū)婦產(chǎn)兒童醫(yī)院（拉薩）的輸出單位，是集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防保健和人才培養(yǎng)為一體的大學(xué)附屬醫(yī)院。

醫(yī)院目前有華西院區(qū)和錦江院區(qū)兩個院區(qū)，核定床位1580張，有26個臨床科室和7個醫(yī)技科室。婦產(chǎn)科學(xué)和兒科學(xué)均為國家重點學(xué)科，婦科、產(chǎn)科、兒科新生兒專業(yè)、超聲科、小兒呼吸免疫科、生殖醫(yī)學(xué)科、小兒感染科、小兒神經(jīng)科、兒童心血管科為國家臨床重點?？平ㄔO(shè)項目，醫(yī)院為國家更年期保健、新生兒保健、孕產(chǎn)期保健和孕前保健特色專科建設(shè)單位。婦產(chǎn)科學(xué)、兒科學(xué)、母嬰醫(yī)學(xué)和應(yīng)激生物學(xué)為博士學(xué)位授權(quán)點，婦產(chǎn)科學(xué)和兒科學(xué)為博士后流動站。醫(yī)院擁有“出生缺陷與相關(guān)婦兒疾病教育部重點實驗室（四川大學(xué)）”、“國家衛(wèi)健委時間生物學(xué)重點實驗室”、“藥物制劑體內(nèi)外相關(guān)性技術(shù)研究國家藥監(jiān)局重點實驗室”、“早期發(fā)育與損傷的基礎(chǔ)與臨床嵌合研究”教育部創(chuàng)新團(tuán)隊。婦科惡性腫瘤診治、小兒血液病及小兒腫瘤診治、早產(chǎn)兒支氣管肺發(fā)育不良防治體系的建設(shè)與完善為國家衛(wèi)生健康委臨床學(xué)科重點項目。國家兒童區(qū)域（西南）醫(yī)療中心、全國救治農(nóng)村兒童白血病、先天性心臟病區(qū)域協(xié)作中心、中國出生缺陷監(jiān)測中心/全國婦幼衛(wèi)生監(jiān)測辦公室、四川省產(chǎn)前診斷中心、四川省人類精子庫、四川省婦產(chǎn)科、兒科、婦幼檢驗、女性盆底功能障礙性疾病質(zhì)量控制中心、四川省生育力保存質(zhì)量管理中心、四川省危重孕產(chǎn)婦和新生兒救治中心等機(jī)構(gòu)及中心掛靠我院。

醫(yī)院為國家衛(wèi)生健康委住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、新生兒圍產(chǎn)期醫(yī)學(xué)專科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、臨床藥師培訓(xùn)基地、婦科內(nèi)鏡診療技術(shù)培訓(xùn)基地、產(chǎn)前診斷培訓(xùn)基地、先心病介入診療技術(shù)培訓(xùn)基地、全國出生缺陷防治人才培訓(xùn)項目培訓(xùn)基地、婦女保健?？颇芰ㄔO(shè)區(qū)域培訓(xùn)基地、助產(chǎn)士規(guī)范化培訓(xùn)基地、全國基層產(chǎn)科醫(yī)師培訓(xùn)項目四川省培訓(xùn)基地、四川省?？漆t(yī)師、?？谱o(hù)士規(guī)范化培訓(xùn)專業(yè)基地、四川省護(hù)士、藥師規(guī)范化培訓(xùn)基地。

醫(yī)院承辦《中華婦幼臨床醫(yī)學(xué)雜志》（電子版）（中國科技核心期刊）、《國際輸血與血液學(xué)雜志》（中國科技核心期刊）和《中華醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)雜志》三本國家級雜志和《Gynecology and Pelvic Medicine》《Women and Children Nursing》兩本英文國際雜志。